С 2013 г. руководила группой в Институте им. Макса Планка (Германия).
В 2016—2017 гг. работала в Гарвардском университете в группе Джорджа Уайтсайдса.
В сентябре 2017 г. Екатерина основала научную группу «Инфохимия» в Университете ИТМО, которая в дальнейшем была преобразована в научно-образовательный центр.